In Prince of Persia: Die vergessene Zeit erlebt der Spieler einen bislang unbekannten Abschnitt aus dem Leben des Prinzen. Die Story spielt zwischen den Geschehnissen aus "Sands of Time" und "Warrior Within", eine Lücke von etwa sieben Jahren. In Sachen Atmosphäre will Publisher UbiSoft zu den Wurzeln der Serie zurückkehren und an "Sands of Time" orientieren. Erreicht werden soll also eine Mischung aus "Charme" und "Abenteuer". Das Stichwort lautet "1001 Nacht".
Abenteuerschauplatz ist das Königreich von Malik, dem großen Bruder des Prinzen. Das Reich wird angegriffen, als der Prinz ankommt. Eine folgenschwere Fehlentscheidung von Malik hat dazu geführt, dass die Sandarmee entfesselt wurde, die das Königreich vor den Angreifern beschützt. Doch weiß der Prinz nur zu gut, dass alles seinen Preis hat.
